Esta región está formada por montes, pajonales y lagunas que se ubican dentro de una intrincada red de ríos, riachos y arroyos. Las condiciones particulares de su clima permiten la aparición de especies y formaciones subtropicales que bajan por los ríos Paraná y Uruguay; estos a su vez, constituyen las principales fuentes de sedimentos que originan un continuo crecimiento del Delta. En la actualidad conforma uno de los grandes refugios silvestres que aún subsisten en la Argentina.

Desde el punto de vista de la biodiversidad merece ser considerado como una unidad aparte, aunque no posea muchos endemismos, ya que su intrincada combinación de ecosistemas acuáticos, bosques y pastizales representa un enclave de alta diversidad, con notables ingresiones subtropicales, enmarcado en la templada región pampeana. Esta última, naturalmente más homogénea y no tan diversa, presenta hoy la mayor densidad de población humana del país, y el máximo grado de modificación de los ambientes silvestres.

El clima es templado y húmedo, con precipitaciones distribuidas a lo largo del año. Las marcas térmicas extremas se ven atemperadas ligeramente por la influencia fluvial.

Las comunidades con mayor cobertura corresponden a los pajonales, netamente palustres, que se desarrollan especialmente en las depresiones centrales de las islas. En sitios ligeramente más elevados crecen bosques abiertos de seibo con sotobosque de pajonal. Existen dos tipos de comunidades arbóreas: los bosques , ubicadas en el Delta superior y medio, formadas por distintas especies dominantes, y la selvas ribereñas, conocida en la región como Monte Blanco, que presenta una fisonomía más intrincada, con abundantes enredaderas y epifitas. Son bosques con estrato arbóreo multiespecífico, ubicados sobre los albardones del Delta inferior.

La fauna del Delta es particularmente rica en comparación con la pampeana, ya empobrecida, a causa de las influencias biogeográficas mencionadas, la variedad de ambientes, y la presencia de refugios naturales de difícil acceso para el hombre. Son comunes las aves acuáticas, y varias garzas.

El Delta conserva poblaciones prácticamente aisladas de ciertas especies faunísticas valiosas, por lo que su conservación reviste importancia nacional.

Por su complejidad ambiental, la existencia de sectores inaccesibles, y su régimen de disturbios naturales, el Delta en su conjunto actúa como un refugio importante de flora y fauna autóctonas. Algunos ambientes silvestres subsisten en numerosos parches de distintos tamaños. En cambio, las comunidades que se asientan sobre las escasas tierras relativamente altas han sufrido severos procesos de modificación o degradación.