Los árboles característicos de esta formación son del género Nothofagus. Podemos diferenciar dos formaciones diferentes: la menos húmeda que es el bosque caducifolio (que pierde la hoja) formado por ñires, lengas y Ciprés de la cordillera y el bosque valdiviano donde encontramos coihues y alerces de gran longevidad, hay ejemplares de mas de 2600 años de edad como los que se encuentran en el Parque Nacional los alerces, y ¡creciendo aun!.
Los arbustos merecen gran atención el michay, el calafate que tiene un fruto comestible del cual se dice que el que lo prueba siempre vuelve. Flores como el amancay.

Las partes bajas de las montañas y los valles de este Parque están cubiertos en gran parte por extensos bosques andino-patagónicos. Lo integran, según la altura, distintos árboles tales como lengas, coihues y ñires. Durante la primavera estos bosques ofrecen uno de los más coloridos paisajes silvestres de la Argentina. En esa época del año, dentro del marco que le brindan lagos y montañas, se destacan plantas nativas como el notro, de vistosas flores rojas, la mutisia, una trepadora de flores anaranjadas, la virreina, semejante a la anterior pero con flores lilas, y el amancay, que tapiza el sotobosque con sus flores amarillas.

En la zona de Puerto Blest, casi sobre el límite con Chile, donde las precipitaciones son de aproximadamente 4.000 milímetros anuales, se desarrolla la selva valdiviana, con especies vegetales propias como el ciprés de las guaitecas, los maniú macho y hembra y el fuinque.

Son numerosos los lagos esparcidos entre los bosques. El más destacable es el Nahuel Huapi, cuya superficie es de 560 km2 y su profundidad de hasta 454 metros. Otros lagos de menor extensión son el Traful, el Gutiérrez, el Mascardi y el Guillelmo. Las orillas de estos lagos y ríos se encuentran pobladas de especies vegetales de lugares húmedos como los arrayanes y pataguas. En los acantilados de algunas islas del Lago Nahuel Huapi, existe una población de cormorán imperial, hecho curioso ya que se trata de una especie preferentemente marina. Es frecuente también encontrar a la gaviota cocinera siguiendo las embarcaciones.